叶片不同：
蒿子秆和茼蒿的区别在于两者的叶片不同，蒿子秆的叶片呈现倒卵形或长椭圆形，长度在2～6厘米之间，宽度在1～2.5厘米之间，为二回羽状分裂，茼蒿的叶片为椭圆状或长椭圆状倒卵形，长度在8～10厘米之间。
花朵不同：
蒿子杆的花朵呈现头状花序，在茎枝的顶端通常是生长2～8个头状花序，聚集形成伞房花序，花朵呈现黄色，茼蒿的花朵为头状花序，花序单生茎或是少数生长在茎枝的顶端，花梗的长度在15～20厘米之间。
科属不同：
蒿子秆和茼蒿在外形虽然是比较接近，但是两者的科属也是完全不同，蒿子秆属于菊科、管状花亚科，植株光滑无毛或是接近无毛，高度在20～70厘米之间，茼蒿为桔梗目、菊科、茼蒿属，一年或是二年生草本植物。
