1、不规范科学的治疗，抗生素的滥用，加重临床治疗难度。湿疣病毒本身就是一种很难杀灭的病毒，不合理规范的治疗给病毒在体内的依附和复制提供可趁之机，进一步加剧了病毒耐药性的产生，病毒种群变的多样化和复杂。同时对抗生素的不规范使用，影响身体的免疫机能，内分泌体液免疫机能等系统的作用，并且也会使得抗生素耐药，给疾病的康复和后续的治疗带来新的困难，制约和影响着疾病的整个康复过程。
2、湿疣的致病病毒、Ⅱ型单纯湿疣病毒潜伏于神经节内，麻痹机体免疫调节机能，在机体各项免疫机能正常时时蛰伏待机，当机体调节机能紊乱，因炎症等免疫功能低下时，病毒迅速激活，危害组织器官，在治疗上药物很难从神经节内清理病毒，治疗同时对自身的损伤也较大。
3、传统治疗是把双刃剑，杀灭病毒与“元气”损伤成正比。由于病毒的特殊附着性，伪装性，复制和变异等特点，药物的治疗不但难度大，而且对于抗病毒类化学药物而言，它对身体的副作用特别大，在一定区间内它对病毒的杀灭效果和对机体生理机能的损伤是成正比的。
